伽玛刀的缺点有以下几点：
第一、对患者的身体造成一定的损伤，在进行伽玛刀手术之后，患者的身体可能会出现一些感觉疼痛的问题，需要一定的时间才能进行恢复，同时损伤性大，会杀死正常组织细胞。
第二、伽玛刀手术之后患者还有可能引发消化道的一些不适，出现恶心、呕吐的问题，严重的还会出现神经系统的损伤，神经末梢受到破坏会导致胳膊和腿都出现麻木的感觉。
第三、患者会咳嗽、厌食、引起发热、血象下降、骨髓抑制等，免疫功能也会下降，肿瘤病人放射区的皮肤会痒。
第四、免疫功能下降。
第五、导致肢体麻木、运动失调，有少部分在治疗后几周或者数月内会出现运动失调、局部麻木等神经系统症状。
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