在醒来时咳嗽，睡前也会咳嗽，需要考虑呼吸系统的疾病，常见有慢性咽炎、鼻炎、鼻窦炎急性发作，及急性鼻炎、鼻窦炎，包括反流性的食管炎并发反流性的咽炎。由于炎症反应，有大量气道分泌物的渗出，包括食道分泌物、胃酸等，在躺下时容易反流到咽喉部，刺激咽部后壁，出现咳嗽症状。在夜间人交感神经也会相对兴奋，气道内腺体分泌会旺盛，腺体分泌液体会增多。在醒来时晚上累积的比较多的分泌物，也会刺激到咽喉壁，加重咳嗽的症状出现。
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